Chiesa sconsacrata dedicata a S. Francesco, venne realizzata tra il 1229 e il 1234 ma assunse le attuali forme barocche nella prima metà del 1600 ad opera dell’architetto Francesco Bianco, lo stesso che progettò Palazzo Rocca.
Nel 1700 la chiesa subì ulteriori modifiche, soprattutto negli interni: venne costruito un nuovo altare maggiore e un nuovo coro ligneo, che attualmente si può ammirare nella Cattedrale di N.S. dell’Orto. Nel 1800 la chiesa fu chiusa al culto e le opere qui custodite vennero distribuite in altri luoghi di culto o addirittura distrutte. L’edificio venne, dapprima, adibito a caserma, quindi fu riconsegnato ai frati francescani che, però, vennero nuovamente allontanati nella seconda metà dell’Ottocento.
In seguito l’edificio venne acquisito dal Comune di Chiavari che, nel 2002, ne dispose il restauro e lo trasformò in auditorium.