Il monastero venne edificato a seguito della chiusura del preesistente Monastero di Valle Christi alla fine del XVI secolo. Pur fortemente voluto dalle autorità dell’epoca, subì ritardi nella progettazione ed edificazione soprattutto per mancanza di fondi. Intorno alla metà del Seicento fu possibile l’acquisto dell’area grazie anche ai lasciti da parte di tre personalità del luogo, ma la sua costruzione fu segnata da rallentamenti tali da durare ben 36 anni.
Fu inaugurato nel 1689 come Convento dell'Ordine di Santa Chiara da Montefalco. Ebbe, da subito, una travagliata vita, soprattutto a causa dei contrasti con il vicino convento dei frati francescani che ne rivendicavano la gestione citando vincoli testamentari, e a causa della sua posizione, considerata troppo vicina alla spiaggia, in estate frequentata da bagnanti ben visibili alle monache. Per fugare ogni dubbio, nel 1691 venne dichiarato Convento di clausura.
Nei secoli successivi subì opere di rifacimento ed ampliamento, sino a fine Ottocento quando l’amministrazione civica fece richiesta di acquisire l’intero complesso e al 1902 quando venne definitivamente abbandonato dalle ultime monache.
Durante la Prima Guerra Mondiale l’edificio fu utilizzato come caserma, come scuola elementare e poi, sino a metà Novecento, come deposito di barche. Dopo il restauro dei primi anni Sessanta, la chiesa è stata trasformata in teatro-auditorium da 265 posti, mentre il convento ospita la collezione di opere e oggetti di grande valore artistico, raccolti dai coniugi Gaffoglio e donati al Comune di Rapallo nel 2000.