Da Rapallo, lungo la strada principale per Santa Margherita, si incontra la frazione di San Michele di Pagana che, affacciata su di una piccola baia, ha conservato intatta la sua struttura di borgo marinaro con le case che aprono le loro porte direttamente sulla spiaggia. In alto veglia la Chiesa di San Michele che custodisce il prezioso “Crocifisso con i Santi Francesco e Bernardo e donatore” di Anton Van Dyck, donato alla chiesa dal nobile Francesco Orero nel 1643.
L’edificio, del quale si hanno notizie già dal 1133, sembra sia stato eretto su di un antecedente tempio pagano e da qui derivi il nome Pagana, da "Pagus", villaggio romano. Altra ipotesi è quella che, originariamente, sul promontorio sia sorta una cappella ad uso del presidio militare longobardo stabilitosi in queste zone nel VII secolo, dedicata a San Michele, al quale i Longobardi erano molto devoti.
Nei secoli successivi la chiesa subì numerosi interventi di restauro e abbellimento, in particolare con l’intervento dei Marchesi Spinola che ne arricchirono gli interni donando due tavolette fiamminghe del ‘400 e alcune importantissime opere attribuite a Guido Reni, al Guercino e altri illustri artisti del ‘600 e ‘700.
Sulla scogliera alle spalle della chiesa, nella Punta Pagana, si erge una torre quadrilatera del XVI secolo, altra costruzione di difesa dai pirati turchi a questo tratto di costa dove le tre baie di Travello, Prelo e Pomaro rappresentavano approdi sicuri nella parte occidentale del golfo.