Inaugurato nel 1984 per iniziativa della Curia Vescovile, il Museo ha sede al primopiano del Palazzo Vescovile, nei locali che in precedenza erano utilizzati come biblioteca del seminario.
Il Museo raccoglie dipinti, sculture, argenti e tessuti appartenenti sia a chiese tuttora officiate sia a complessi religiosi oggi non più esistenti. Dalla chiesa di San Giovanni Battista proviene la Madonna col Bambino, tavola riferibile alla cerchia di Barnaba da Modena.
Da vedere i quattro busti in legno del XVII sec. e il “ciclo” di un baldacchino professionale donato nel 1961 da Achille Costaguta alla confraternita del Rosario che aveva sede nella chiesa stessa. Il “ciclo” rappresenta il pezzo più prestigioso della collezione e si tratta di un preziosissimo ricamo eseguito in Cina alla fine del ‘500, giunto in Occidente con i primi scambi commerciali in Estremo Oriente e venuto in possesso dei Costaguta grazie alla posizione di prestigio acquisita dalla famiglia a Roma presso la corte papale.
Di grande interesse la ricca sezione degli argenti che comprende, tra l’altro, una croce-reliquiario del XIV sec., un turibolo e una navicella del XV sec. provenienti dall’ex Abbazia di San Gerolamo della cervara, un cofanetto limosino del XIII sec. appartenente alla chiesa di Santa croce a Moneglia, un ostensorio palermitano donato nel 1671 da Gervasio Poscia, mercante di Rapallo e molti arredi liturgici realizzati dagli argentieri genovesi e provenienti da diverse chiese della Diocesi. Inoltre si trova una piccola raccolta di ex-voto del Santuario di N.S. dell’Orto a Chiavari