L'odierna chiesa fu costruita molto probabilmente nei primi anni del XVII secolo quando furono demolite nel territorio di Zerli le due antiche chiese di Santa Maria e San Pietro. Alcuni riferimenti storici riportano inoltre la presenza di un terzo edificio di culto dedicato a san Martino di Adreveno; quest'ultima fu infine accorpata nei territori dell'attuale parrocchia di Caminata. Nei pressi dell'odierna chiesa di San Pietro di Zerli, adiacente il cimitero, vi è l'antica chiesetta parrocchiale detta cappella dei Fieschi eretta verosimilmente per volere della famiglia lavagnese.